■□新たな冒険のはじまり□■
　ハイラルに平和を取り戻し、また修行の旅へと出かけたその帰途。大海原の船の上で嵐に見舞われたリンクはコホリント島へとたどりついた。その島の頂には大きなタマゴがあり、その中には「風のさかな」という神が眠っているのだという。
　どこからともなく現れたフクロウは「風のさかなの目覚めが答えてくれる」といった。
　この島から脱出するには風のさかなを目覚めさせなくてはならない。それにはダンジョンの奥にいる魔物が守る８つのセイレーンの楽器が必要だった。しかしそれは島の住民にとっては……。

「時のオカリナ」でも不思議なフクロウが登場しているが、この島にはあちこちにフクロウの像があって、メッセージが聞ける。
　ダンジョンの中では石版のかけらを見つけて石版にはめるとヒントが聞け、ゼルダ初心者の道しるべにもなっている。

■□アイテムを駆使して□■
　アイテムはサブ画面にてA・Bボタンにセットして使う。それは剣と盾も同様で、本作で始めてボタンを押して盾を構えられるようになった。
　そのほか装備できるアイテムはおなじみ弓矢、爆弾、フックショット、ブーメランなど。弓と爆弾は組み合わせて使用できる。

　ロック鳥の羽根は１マスの穴を飛び越えられる。ペガサスの靴をはくとダッシュでき、ロック鳥の羽根を同時にセットすることでジャンプ力が上がる。物を引っ張る力がみなぎるパワーブレスレットや地面を掘るシャベル、不思議な音色を奏でるオカリナなどがある。
　ヨッシー人形からはじまるわらしべイベントもある。

　しっかりとゼルダシリーズでありながら、どこかお遊び要素もある本作。ストーリーはシンプルではあるけれど、ヒーローゆえんのジレンマのような、悲しい成り行きが印象的。