一級小型船舶操縦士‥ボート免許のトップクラス ボートを操縦して、遠く離れた島や海外へ行くには、一級免許が必要です。一級免許には航行区域の制限はありません（ただし、ヨット以外で海岸から100海里を超える区域を航行する場合は、六級海技士(機関)以上の資格を持った機関長を乗り組ませなくてはなりません）。 操縦できるボートの大きさは、総トン数20トン未満です。ただし、20トン以上のボートでも、長さが24メートル未満で用途がスポーツやレクリエーションに限られるなどの一定の基準を満たせば一級免許で操縦できます。 この免許を持っていれば、ヨットなどで世界一周も可能です。
		二級小型船舶操縦士‥沿岸でのレジャーに最適 沿岸や湖での釣り、あるいはウェイクボードのトーイングなど、比較的近場でボートを楽しむには、二級免許が適しています。二級免許の航行区域は、川や湖、湾などの平水区域と海岸から５海里（約９キロメートル）までの海域です。操縦できるボートの大きさは一級と同じ総トン数20トン未満です。 二級免許の中には、年齢が18歳未満の方の、ボートの大きさを５トン未満に限定した免許、二級小型船舶操縦士（若年者五トン限定）があります。さらに航行区域を湖や川などの内水面と指定された一部の海域に限定し、エンジンの出力を15キロワット未満に限定した免許二級小型船舶操縦士（湖川小出力限定）もあります。 二級免許を持っていれば、ほとんどのボートによるレジャーが楽しめます。まさに海の世界へのパスポートとして最適な免許といえます。
		特殊小型船舶操縦士‥水上オートバイに乗るなら必須 特殊免許は、水上オートバイ専用免許で、ボートには乗れません。逆に一級・二級免許を持っていても、特殊免許を持っていなければ水上オートバイには乗れません。ボートと水上オートバイの関係は自動車と自動二輪車にたとえると理解しやすいでしょう。特殊免許は航行区域が決められていません。これは、水上オートバイという船そのものの航行区域（湖岸や海岸から２海里：約3.7キロメートル）がすでに決まっているからです。